Để tăng cường khả năng tác chiến của Quân đội Việt Nam Cộng hòa trước chiến thuật du kích của những người Cộng sản kể từ sau phong trào Đồng khởi, ngày 16 tháng 2 năm 1960, Tổng thống Ngô Đình Diệm chỉ thị thành lập các Đại đội Biệt động quân, tuyển chọn binh sĩ của các Sư đoàn Bộ binh và Quân khu, Binh chủng Nhảy dù và Thủy quân Lục chiến, huấn luyện kỹ năng hành quân độc lập, tác chiến chống du kích. Một số sĩ quan người Việt thuộc Liên đoàn Quan sát số I được chuyển sang làm thành phần nòng cốt của Biệt động quân. Chiến thuật tác chiến ban đầu của các Đại đội Biệt động quân chủ yếu là trang bị vũ khí gọn nhẹ với quần áo bà ba đen, cơ động truy kích và tiêu diệt các đơn vị du kích Cộng sản hoạt động trên địa bàn.

Trung tâm Huấn luyện Biệt động quân đầu tiên là trường Biệt động đội Đồng Đế, đặt tại Nha Trang, về sau đổi thành Trung tâm Huấn luyện Biệt động quân Nha Trang, chuyên huấn luyện cho sĩ quan và hạ sĩ quan thuộc Quân đoàn II. Cuối tháng 4 năm 1960, hai Trung tâm huấn luyện Biệt động quân mới được thành lập, một tại Đà Nẵng để huấn luyện cho sĩ quan và hạ sĩ quan thuộc Quân đoàn I, một tại Sông Mao huấn luyện cho sĩ quan, hạ sĩ quan thuộc Quân đoàn III và Quân đoàn IV. Ngoài ra, còn có 2 Trung tâm Huấn luyện khác là Trung Hòa và Thất Sơn, chuyên huấn luyện tác chiến cấp Đại đội. Khác với các toán Biệt kích của Liên đoàn Quan sát số I do các cố vấn CIA trực tiếp quản lý, điều hành và huấn luyện, các toán Biệt động quân do các sĩ quan và hạ sĩ quan người Việt huấn luyện với sự trợ giúp của các cố vấn quân sự của Phái bộ Cố vấn Quân sự Mỹ (Military Assistance Advisory Group - MAAG).

Ngày 1 tháng 7 năm 1960, Lực lượng Biệt động quân được chính thức thành lập, do Thiếu tá Lữ Đình Sơn làm Chỉ huy trưởng. Quân phục chính thức của Lực lượng Biệt động quân cũng chuyển sang quân phục rằn ri đốm hoa với mũ nồi nâu. Mặc dù hình thành Bộ chỉ huy riêng, nhưng trên thực tế, các Đại đội Biệt động quân tác chiến theo sự chỉ huy của các Tư lệnh Sư đoàn hoặc Tiểu khu trưởng tại địa bàn hoạt động. Bộ Chỉ huy Trung ương chỉ có nhiệm vụ quản trị, điều hành, bổ sung quân số, huấn luyện, trang bị, thanh tra, theo dõi, thống kê, báo cáo các hoạt động của các đơn vị Biệt động quân trên toàn lãnh thổ Việt Nam Cộng hòa.

Do tính chất này, khi cuộc đảo chính ngày 11 tháng 11 năm 1960 nổ ra, mặc dù Chỉ huy trưởng Biệt động quân là Thiếu tá Lữ Đình Sơn bị 2 cấp phó là Thiếu tá Phan Trọng Chinh và Đại úy Phan Lạc Tuyên tước quyền chỉ huy và nắm lấy quyền điều động một số Đại đội Biệt động quân gần Đô thành Sài Gòn tham gia đảo chính, hầu hết các đơn vị Biệt động quân khác vẫn thuộc quyền của các đơn vị Sư đoàn và Tiểu khu, vẫn trung thành với Tổng thống Diệm và tham gia hành quân phản đảo chính. Nhờ vào hành động này mà Thiếu tá Lữ Đình Sơn không bị truy cứu trách nhiệm và vẫn được giữ chức Chỉ huy trưởng cho đến năm 1962.